《神圣之门》的剧情故事跨越两个天下，为了拯救“共时天下”，在“统合天下”之中有这样6位少年，在交织的时空中应召而来，与主人公们结成了深挚的羁绊……

赤音的故事，从他与“火焰”相遇最先。鲜红的火焰带来了温暖，也拉开了他运气的帷幕，他刻意前往神圣的出口，以双拳损坏杂乱的统合天下。被谋划好的运气、无法突破的屏障和实力悬殊的差距，让赤音心中的火焰近乎熄灭，带着悲痛的他受邀来到了火想乡。在坦然接受一切后再度点燃了火焰，依附自己的意志和拳头，为新的战斗揭开了序幕。

【希望之火——赤音】

落下的雨滴化作“水”流进苍人的心中，让原本连一丝涟漪都不愿泛起的苍人，开启了运气的决议。一起前进的苍人突破了水之精灵的试炼，但他心中依旧残留着挥之不去的罪行。审讯之日近在眼前，为了与已往的自己作出了断，赎清弑亲之罪，苍人向着漂浮在常界的孤岛——龙宫乡进发。再次回到本岛后的苍人，放弃了洗刷已往，选择接受一切的他，又重新找回失去的澄澈。

【澄澈之水——苍人】

翠一直为了突破“现在”而不停前进着，微微掀起的风一直随同在她身旁。当她奔向神圣之门时，她却最先忧郁起风会突然住手。陷入焦虑和忐忑的翠，遗忘了脚扎实地，迎来了平静之后的狂风雨。为了能完成比任何人都要加倍迅捷的心愿，翠在高耸入云的蓬莱乡拼命举行着修炼。最终，她乘优势精王掀起的龙卷风，泛起在人人眼前，再次最先无忧的奔跑。

【前进之风——翠】

光泽四射，犹如太阳一样平常的光，无论开心、悲痛、照样痛苦，脸上永远都只有微笑一种神色。遭受着伟大的重担，被光泽指引着一直前进，逐渐使她面临真正的自己以及不愿得知的真相，往后她笑容再也不是发自心里。为了寻找笑容真正的寄义，光来到了漂浮在天界的永远乡，重新露出只为自己的笑容。即便云云，她的笑容依然温暖，且指引着人们前进的蹊径。

【指引之光——光】

紫喜欢夜晚，喜欢被深沉的“暗”所笼罩而染上紫色的城镇。她斩断了前往神圣出口的蹊径，只是为了寻找童年仅存的一丝影象。直到掌管暗的精灵降下温柔的拥抱，紫终于触及到了她所寻觅的已往。小小的死神发动起推翻魔界的革命，为的是终结堕入漆黑的可悲循环。在魔界的终点，漂浮在暗夜当中的死后乡，紫接纳了约束着自己的漆黑，与审讯之日做着不休不止的匹敌。

【匹敌之暗——紫】

对一切都漠不体贴，只信托气力的银次陶醉在自己获得的“无”之力中，肆意损坏着，妄图将交织的天下化为虚无。直到无之精灵的低声忠告，让银次对拥有“无”的意义感应了疑惑。为了看清黄昏之审讯将一切归于虚无的本意，银次前往常界，也前往地底乡追求“无”之力的真相。领会一切后的银次与人人踏上了统一条蹊径，他的目的是将“统合天下降生”这件事情自己回归于“无”。

【回归之无——银次】

在“统合天下”中为了寻找真相，与运气做斗争的六位少年，战胜且拥抱了曾经渺茫、懦弱的自己，他们的壮大，同样会在《神圣之门》中辅助主人公们拯救理力界，夺回“共时天下”的平衡。